1.確定分離目的確定你的應用是否要求高分離度、短分析時間、高靈敏度、長柱壽命，低的操縱本錢等等。2.評估分析物的化學性質評估分析物的化學性質..諸如化學結構、溶解性、穩定性等等。3.選擇合適的色譜柱了解色譜填料的物理和化學性質。1.硅膠基質：純度高本錢低，強度大，化學修飾輕易，但pH值范圍有限。大多硅膠基質填料在pH2-8之間穩定，但經過特殊修飾的硅膠鍵合相可以穩定在pH1.5-10。2.聚合物基質：應用pH值范圍寬，溫度穩定(高溫可以達到80度以上)，機械強度小。大多現代HPLC填料都是球形顆粒，但有時是不規則的顆粒。球形顆粒提供較低的柱壓、較高的柱效和穩定性以及較長的柱壽命在使用高粘度的活動相時;不規則顆粒有較大比表面積和相對低廉的價格。粒徑越小柱效越高、分離度越高，但同時會導致較高柱壓降。選擇1.5-3μm的填料以解決一些復雜樣品,UPLC可以使用1.5μm的填料;另外10μm或更大粒徑的填料用作半制備或制備柱。含碳量指的是硅膠表面鍵合相的比例，與比表面積和鍵合覆蓋度等有關。高含碳量進步柱容量、分辨率及分析時間，用于要求高分離度的復雜樣品;低含碳量分析時間短、展現不同的選擇性，用于快速分析簡單樣品及需要高含水活動相條件的樣品。一般C18的含碳量在7-19%不等。HPLC吸附介質是多孔的顆粒，盡大多數的反應表面于孔內。因此，分子必須進進孔內才能被吸附和分離。孔徑和比表面積是相輔相成的兩個概念。孔徑小比表面積大，反之亦然。比表面積大，增加樣品與鍵合相之間的反應，增加保存,上樣量和復雜成分的分離度;比表面積小，平衡時間快，適合梯度分析。孔容，又稱“孔體積”。指單位顆粒的空隙體積大小。它能很好的反應填料的機械強度。孔體積大的填料相對孔體積小的填料機械強度要略弱。孔體積為1.5mL/g或更小的填料大多用于HPLC分離，而孔體積大于1.5mL/g的填料使用于尺寸排阻色譜和低壓色譜。封端能夠降低極性堿性化合物由于與裸露的硅醇基相互作用而產生的拖尾峰。不封端鍵合相相對封端鍵合相會產生不同的選擇性，尤其是極性樣品。
